Die Stiftskirche Ardagger entstand im 11. Jahrhundert als frühromanische Basilika. Zwischen 1224 und 1240 ließ Propst Heinrich die Kirche zu einer spätromanischen, dreischiffigen Basilika mit erhöhtem Chor und Krypta umbauen. Das Langhaus erhielt erst im 16. Jahrhundert ein Kreuzgewölbe.

Im 14. Jahrhundert wurde die Kirche im gotischen Stil erweitert. Noch heute sind gotische Elemente wie Spitzbogenfenster, das Westportal und das Kreuzrippengewölbe der alten Sakristei sichtbar. Bei einer Restaurierung 1996 wurden zugemauerte gotische Fenster als Blindfenster wieder freigelegt.

Im 17. Jahrhundert erfolgte eine umfassende Barockisierung. Aus dieser Zeit stammen unter anderem das Chorgestühl, der 14-Nothelfer-Altar, die Orgel, die Kanzel sowie Stuck, Fresken und große Ölgemälde.

Nach der Aufhebung des Stiftes 1784 wurden nur noch kleinere Umbauten vorgenommen. Der heutige Kirchturm entstand 1804. Die letzte große Sanierung fand 1996 statt.

Das bedeutendste Kunstwerk der Kirche ist das Margaretenfenster (um 1234). Es ist die älteste erhaltene figürliche Glasmalerei Österreichs und eines der frühesten Beispiele eines Bilderzyklus zur heiligen Margareta in Europa. Die 14 erhaltenen Medaillons zeigen Szenen aus ihrem Leben und ihrer Märtyrerlegende. Während des Zweiten Weltkriegs wurde das Fenster zum Schutz zugemauert und blieb dadurch unbeschädigt erhalten.